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监测人员应根据具体情况确定挑选出对解决问题最关键的指标，这样不仅能较快的解决实际问题，而且能更合理地使用人力和经费。在选择监测指标时，一般应遵循以下原则。
1．根据监测目的的选择监测指标
例如，若要及时发现早期污染，可选择对低浓度污染物敏感的动物行为反应或植物伤斑等易于观测的指标。若要监测环境污染程度，可采用植物化学分析方法直接测定监测植物体内污染物的蓄积量。防空核生化控制中心的使用场景人防BK-RF055分析树木年轮性状可揭示当地污染历史等等。
2．根据污染物的性质和毒理作用机制选择监测指标
不同性质的污染物其毒理作用机制不同，会产生不同的毒性效应。例如，有些污染物能抑制光合作用，或抑制呼吸作用。选择光合效率或呼吸速率作为监测指标就能达到监测这些污染物的目的。防空核生化控制中心的使用场景人防BK-RF055又如，有些污染物能刺激超氧化物岐化酶、过氧化氢酶及过氧化物酶活性，这些酶的活性就是有用的监测指标。
3．根据生物的特性选择监测指标
监测生物可以是动物、植物或微生物；在结构上可以是单细胞的或多细胞的；在繁殖习性上可以是有性生殖或无性繁殖；在生态系统中所承担的功能可以是生产者、消费者或分解者。这些差别都应在选择监测指标时予以考虑。例如，可以选用动物监测具有神经毒性作用的污染物。又如，可用蚯蚓吞食土壤腐败有机质的习性监测土壤金属污染，等等。
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